城市轨道与铁道工程系的发展历史可追溯至1914年同济德文医工学堂创办的土木科，1952年成立同济大学铁路公路系，1973年同济大学的铁路学科调整至上海铁道学院，2000年两校合并后，设铁道建筑工程系，后更名为城市轨道与铁道工程系，隶属于同济大学交通运输工程学院。

      现有教师24名，其中教授10名、研究员2名、副教授5名，另外聘请4位院士为顾问或兼职教授。已形成四大主干方向：轨道交通线路设计与规划、轨道结构与养护管理、轨道交通结构工程、轨道交通线路动力学。所在的交通运输工程学科是国家一级重点学科、上海市高峰学科，并纳入同济大学一流学科建设计划。正在建设“复杂基础设施力学理论”和“交通基础设施性能升级与智能化技术”两个一流学科团队。

      承担交通工程（轨道交通方向）、土木工程（铁道工程方向）两个本科专业的人才培养，以及交通运输工程学科城市轨道与铁道工程方向的硕士、博士研究生培养。已为我国铁路和城市轨道交通建设培养了一大批专业技术人才和高级管理人才，毕业生中有中国工程院院士1人，主持原铁道部规划、建设、科技发展的主要领导多人，此外已建和在建的高速铁路、地铁等国家重点工程中指挥人员和技术人员中，均有本系的优秀毕业生。

      近年来，承担了国家重点研发计划、国家科技支撑计划、国家863计划、国家自然科学基金、铁道部重大科技开发项目、上海市科委重点研究计划等重大科研项目50余项，并为全国10多条高速铁路、10余个城市的地铁等轨道交通重点工程提供了关键技术服务。研究成果获得国家技术发明二等奖1项、 省部级科技进步一等奖10余项，编制行业和地方标准多部。

      近年来，不断加强国际交流与合作，分别与德国、英国、荷兰、美国、加拿大、日本、韩国等国的高校和科研院所开展了固定的互访或联合研究，新近引进人员均具有海外学习或工作背景。